通过药物减肥无疑是一柄双刃剑。能够像广告所说的有效安全不反弹的减肥药物，还没有被开发出来。
减肥药物，跟任何别的药物一样，都是在必要性和副作用之间寻找平衡。
肥胖是被当作一种疾病来对待的，是否使用药物减肥需要遵照医生的意见。一般而言，只有BMI（身高体重指数，即体重（公斤为单位）除以身高（米为单位）的平方得到的数值）大于30，或者大于27且伴有其它疾病（比如高血压、高血脂、糖尿病等），医生才会建议采用药物减肥。对于一般的超重，使用药物减肥被认为没有必要，或者说，弊大于利。
BMI与体质以及疾病风险的关系，在不同的人群中略有差异。亚洲人的BMI普遍低于欧美。在中国，认为BMI在18.5至23.9是合理值，24至27.9是超重，而28以上是肥胖。
减肥或者说保持合理体重对于健康有非常重要的意义，但是通过药物减肥无疑是一柄双刃剑。能够像广告所说的有效安全不反弹的减肥药物，还没有被开发出来。许多为了美丽而减肥的人，BMI值远远没有达到推荐使用药物的地步。从健康的角度来说，合理健康的食谱加适度的运动，是最有利的。
吃药抑制脂肪吸收或会伤肝
2009年8月24日，美国食品药品管理局（FDA）宣布对畅销减肥药阿莱（Alli）和赛尼可（Xenical）的副作用进行调查。在过去的几年间，FDA收到了32例阿莱或者赛尼可的使用者出现肝脏损伤的报告。
阿莱（Alli）是被FDA批准的唯一一种非处方减肥药，人们可以自由购买。而赛尼可是阿莱的处方版本，有效成分是阿莱的两倍，要有医生的处方才能购买。
阿莱和赛尼可的生产厂商拒绝承认阿莱会导致肝脏损伤，他们宣称阿莱的安全性得到了一百多项临床试验的支持。而FDA也还没有认定肝脏损伤和减肥直接相关，说可以在医生的指导下继续服用。但是，对阿莱和赛尼可的安全性质疑远未停止。今年早些时候英国也开始对其副作用进行调查。
阿莱和赛尼可的有效成分叫做奥利司它（orlistat），是一种脂肪酶抑制剂。它通过干扰脂肪消化、抑制脂肪吸收来减少热量摄入，从而实现减肥。科学论文中有服用6到12个月减掉2.9公斤的报道。但是，抑制脂肪吸收的同时，脂溶性的维生素（比如维生素A、D、E、K等）的吸收也就同时受到抑制，常见的副作用有拉稀、腹胀、排便不规律、腹痛以及消化不良等。
作为药物，奥利司它的减肥效果是明显的。相比于疗效，上述的这些副作用也就能够被接受。不过，如果调查结果证实它还会损伤肝脏，那么副作用就太大了。
控制食欲的药不能长期食用
还有一类通过改变肾上腺素来抑制食欲的减肥药。其中最常用的是芬特明（phentermine）。芬特明的短期减肥效果很明显，结合适当的生活方式控制，平均能减掉3.6公斤。它最常见的副作用有口干、头痛、失眠、神经过敏、易怒和便秘等等。一方面，这些副作用限制了它的长期使用；另一方面，长期使用会导致身体的耐受性增加，效果就下降了，而且容易产生依赖和滥用。苯丙醇胺也是这一类的药物，曾经被批准当作非处方药出售，后来发现它可能会导致女性的出血性中风，就被取消了。
还有一类减肥药跟体内的血清素有关。它们会影响一段时间内的进食量，增加人体的基础代谢，通过少吃多消耗来实现减肥。FDA曾经批准了芬氟拉明（fenfluramine，Pondimin）和右芬氟拉明（dexfenfluramine，Redux）的使用，不过由于它们有导致心脏瓣膜疾病和肺动脉高压的风险，厂家在1997年自愿撤销了这两种产品。
FDA还批准使用一种叫做西布曲明的药物用于减肥。它具有改变肾上腺素和血清素的双重作用，减肥效果比较可观。用药12个月之后，有减掉4.2到4.5公斤的报道。还有一项研究报道在两年之后还能保持减掉4公斤的效果。不过，它也同样可能导致口干、便秘、失眠、升高血压和心率，以及心悸亢进等等。